百日咳杆菌为短杆状或椭圆型，长约0.3~0.5mm。革兰氏染色阴性，两端着色较深。该菌为需氧菌，最适生长温度为350C ~370C，最适PH值为6.8~7.0。初次分离的菌株在包—姜（Bordet-Gengou）培养基上培养2~3天后，呈细小、光滑、凸起和银灰色、不透明的珍珠状菌落，周围有不明显的溶血环。在液体培养基中成混浊生长，管底有少量粘性沉淀。百日咳杆菌常发生光滑型（Smooth Form）至粗糙型（Rough Form）的变异，即S—R变异，称为相变异。I相菌为S型，Ⅱ相菌和Ⅲ相菌为过度型，Ⅳ相菌为R型。一般在疾病急性期初次分离的菌为I相，在疾病晚期或多次传代后可出现Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ相变异。故制备百日咳疫苗及凝集试验用菌液均使用百日咳I相菌。百日咳杆菌对一般理化因子抵抗力甚弱，560C 30分钟、日照1小时即可致死。在干燥尘埃中能存活3天。对氯霉素，红霉素等敏感，对青霉素和磺氨药有抵抗力。

百日咳潜伏期一般为7~14天，病程可长达6周。典型的百日咳经历卡他期、痉咳期、恢复期3个病程。初起表现为呼吸道症状，有轻微的咳嗽、鼻炎等，约2周时间，称为卡他期。其后咳嗽加剧、患儿连续咳嗽不止、头颈部静脉充血，面红耳赤或上唇紫绀和流鼻涕。随后咳嗽停止，大量粘液或脓痰由气管排除，伴有呕吐，此时由于肺内缺氧，不得不吸一口长气而发出特殊高调的鸡鸣样吼声，如此发作，每日数次，多至十次，一般为4~6周，为痉咳期。痉咳期一般不发烧，如果有高烧，则可能有继发感染。最常见的合并症为肺炎，是百日咳患者死亡的主要原因。进入恢复期，咳嗽次数明显减少，至咳吐消失，逐渐恢复正常。但有百日咳疫苗接种史的儿童和成人，症状一般不典型。新生儿及小月龄婴儿的初次感染没有明显的痉咳，可表现为呼吸道窒息和咳嗽发作。

诊断标准：

(一) 流行病学史

三周内接触过百日咳病人，或该地区有百日咳流行。

(二) 临床表现

1． 流行季节有阵发性痉挛咳嗽者。

2． 咳嗽后伴有呕吐，严重者有结膜下出血或舌系带溃疡者。

3． 新生儿或婴幼儿有原因不明的阵发青紫或窒息者，多为典型痉咳。

4． 持续咳嗽两周以上，能排除其他原因者。

(三) 实验室诊断

1． 白细胞总数明显升高，淋巴细胞占50%以上。

2． 从病人的痰或咽喉部分泌物中分离到百日咳杆菌。

3． 恢复期血清凝集抗体比急性期抗体呈四倍或四倍以上升高。

(四) 病例分类

1．疑似病例 具备(二)中的1、2、3、4中任何一相，或同时伴有(一)相者。

2． 临床诊断病例

疑似病例加(三)中的1。

3． 确诊病例

疑似病例加(三)中的2、3。